康熙22年(西元1683年)，施琅率清朝水師大敗台灣鄭氏水軍，鄭氏政權投降，台灣全島被納入清朝的版圖，承天府改為台灣府，隸福建省，分萬年周圍台灣、鳳山兩縣，內惟當時屬台灣府鳳山縣興隆莊。光緒13年(西元1887年)，台灣改制為台灣省，並分為三府、一直隸州、十一縣、三廳。莊陞改為里，內惟改隸台灣省台南府鳳山縣之興隆里。

由於台灣氣候及雨量分布不均，影響稻作，因此在此時開始逐步建立水利設施來支持農業發展。內惟最早開發的灌溉埤塘是硫磺陂，隨著田園拓墾日增，農民因缺水再建堤形成內圍陂(即今內惟埤)，早期引下淡水溪之水到蓮池潭在導入內惟埤，當時內惟埤與蓮池潭有前鋒圳、龜頭涵圳、三圳相通，面積36公頃。

據內惟化龍宮主事李茂林先生的訪談，提到「在內惟埤時期，當時的範圍涵蓋現在的市立聯合醫院，一直到中華一路。內惟埤原只是一個水塘，清朝康熙年間，為了便利農田灌溉，逐漸被開闢為人工水埤，盛產蓮藕、菱角、魚蝦。埤裡養有吳郭魚、大頭鰱、鯽魚和貝類等，每年一次定期刻埤(台語譯音）將埤中水放流到適宜撈魚的水位，管理者將主要養殖的吳郭魚、大頭鰱等批售出去；然後再放魚苗繼續下一年的養殖。」可以了解從清代開始，內惟開始建立水利設施，農業、養殖漁業共同發展，成為居民重要的生活經濟來源。

明治28年(1895年)，清廷因甲午戰爭戰敗，將台灣、澎湖割讓給日本。日本統治台灣後，依照清代舊制頒布地方期組織暫行規程，設置台灣總督府，改台北、台灣、台南三府為縣，縣下置支廳。台南縣轄鳳山、恆春、台東三支廳，鳳山支廳之行政區域仍如舊制鳳山縣。當時南鼓山地區為高雄市的交通樞紐及政經中心，市街主要集中在南鼓山地區及鹽埕一帶，工業發展則集中於半屏山北麓、壽山及戲獅甲地區（現前鎮廣濟宮一帶）。內惟屬市區之邊陲地帶，從臺灣總督府土地調查的《臺灣堡圖》資料中，可見到內惟埤整體土地利用仍呈現農業區狀態。